TY - JOUR AU - D’Arc, M. AU - Ayouba, A. AU - Esteban, A. AU - Learn, G. H. AU - Boue, V. AU - Liegeois, F. AU - Etienne, L. AU - Tagg, N. AU - Leendertz, F. H. AU - Boesch, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Origin of the HIV-1 group O epidemic in western lowland gorillas JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1502022112 DO - 10.1073/pnas.1502022112 ID - D’Arc2015 ER - TY - JOUR AU - Arts, E. J. AU - Hazuda, D. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - HIV-1 antiretroviral drug therapy JO - Cold Spring Harb Perspect Med VL - 2 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a007161 DO - 10.1101/cshperspect.a007161 ID - Arts2012 ER - TY - JOUR AU - Gunthard, H. F. AU - Aberg, J. A. AU - Eron, J. J. AU - Hoy, J. F. AU - Telenti, A. AU - Benson, C. A. AU - Burger, D. M. AU - Cahn, P. AU - Gallant, J. E. AU - Glesby, M. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Antiretroviral treatment of adult HIV infection: 2014 recommendations of the international antiviral society-USA panel JO - JAMA VL - 312 UR - https://doi.org/10.1001/jama.2014.8722 DO - 10.1001/jama.2014.8722 ID - Gunthard2014 ER - TY - JOUR AU - Iyidogan, P. AU - Anderson, K. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Current perspectives on HIV-1 antiretroviral drug resistance JO - Viruses VL - 6 UR - https://doi.org/10.3390/v6104095 DO - 10.3390/v6104095 ID - Iyidogan2014 ER - TY - JOUR AU - Jespersen, S. AU - Tolstrup, M. AU - Honge, B. L. AU - Medina, C. AU - Dda, S. AU - Ellermann-Eriksen, S. AU - Ostergaard, L. AU - Wejse, C. AU - Laursen, A. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bissau HIVcsg: high level of HIV-1 drug resistance among patients with HIV-1 and HIV-1/2 dual infections in Guinea-Bissau JO - Virol J VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/s12985-015-0273-9 DO - 10.1186/s12985-015-0273-9 ID - Jespersen2015 ER - TY - JOUR AU - Su, Y. AU - Zhang, F. AU - Liu, H. AU - Smith, M. K. AU - Zhu, L. AU - Wu, J. AU - Wang, N. PY - 2014 DA - 2014// TI - The prevalence of HIV-1 drug resistance among antiretroviral treatment naive individuals in mainland China: a meta-analysis JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0110652 DO - 10.1371/journal.pone.0110652 ID - Su2014 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. G. AU - Kurland, C. G. PY - 1990 DA - 1990// TI - Codon preferences in free-living microorganisms JO - Microbiol Rev VL - 54 ID - Andersson1990 ER - TY - JOUR AU - Hershberg, R. AU - Petrov, D. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Selection on codon bias JO - Annu Rev Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.42.110807.091442 DO - 10.1146/annurev.genet.42.110807.091442 ID - Hershberg2008 ER - TY - JOUR AU - Grantham, R. AU - Gautier, C. AU - Gouy, M. AU - Mercier, R. AU - Pave, A. PY - 1980 DA - 1980// TI - Codon catalog usage and the genome hypothesis JO - Nucleic Acids Res VL - 8 ID - Grantham1980 ER - TY - JOUR AU - Li, M. AU - Kao, E. AU - Gao, X. AU - Sandig, H. AU - Limmer, K. AU - Pavon-Eternod, M. AU - Jones, T. E. AU - Landry, S. AU - Pan, T. AU - Weitzman, M. D. AU - David, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Codon-usage-based inhibition of HIV protein synthesis by human schlafen 11 JO - Nature VL - 491 UR - https://doi.org/10.1038/nature11433 DO - 10.1038/nature11433 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Pandit, A. AU - Sinha, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Differential trends in the codon usage patterns in HIV-1 genes JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028889 DO - 10.1371/journal.pone.0028889 ID - Pandit2011 ER - TY - JOUR AU - Kijak, G. H. AU - Currier, J. R. AU - Tovanabutra, S. AU - Cox, J. H. AU - Michael, N. L. AU - Wegner, S. A. AU - Birx, D. L. AU - McCutchan, F. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Lost in translation: implications of HIV-1 codon usage for immune escape and drug resistance JO - AIDS Rev VL - 6 ID - Kijak2004 ER - TY - JOUR AU - Haas, J. AU - Park, E. C. AU - Seed, B. PY - 1996 DA - 1996// TI - Codon usage limitation in the expression of HIV-1 envelope glycoprotein JO - Curr Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(02)00482-7 DO - 10.1016/S0960-9822(02)00482-7 ID - Haas1996 ER - TY - JOUR AU - Meintjes, P. L. AU - Rodrigo, A. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolution of relative synonymous codon usage in human immunodeficiency virus type-1 JO - J Bioinform Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1142/S0219720005000953 DO - 10.1142/S0219720005000953 ID - Meintjes2005 ER - TY - JOUR AU - Coplan, P. M. AU - Gupta, S. B. AU - Dubey, S. A. AU - Pitisuttithum, P. AU - Nikas, A. AU - Mbewe, B. AU - Vardas, E. AU - Schechter, M. AU - Kallas, E. G. AU - Freed, D. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Cross-reactivity of anti-HIV-1 T cell immune responses among the major HIV-1 clades in HIV-1-positive individuals from 4 continents JO - J Infect Dis VL - 191 UR - https://doi.org/10.1086/428450 DO - 10.1086/428450 ID - Coplan2005 ER - TY - JOUR AU - Grantham, P. AU - Perrin, P. PY - 1986 DA - 1986// TI - AIDS virus and HTLV-I differ in codon choices JO - Nature VL - 319 UR - https://doi.org/10.1038/319727b0 DO - 10.1038/319727b0 ID - Grantham1986 ER - TY - JOUR AU - Kypr, J. AU - Mrazek, J. PY - 1987 DA - 1987// TI - Unusual codon usage of HIV JO - Nature VL - 327 UR - https://doi.org/10.1038/327020a0 DO - 10.1038/327020a0 ID - Kypr1987 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Stecher, G. AU - Peterson, D. AU - Filipski, A. AU - Kumar, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0 JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst197 DO - 10.1093/molbev/mst197 ID - Tamura2013 ER - TY - JOUR AU - Wensing, A. M. AU - Calvez, V. AU - Gunthard, H. F. AU - Johnson, V. A. AU - Paredes, R. AU - Pillay, D. AU - Shafer, R. W. AU - Richman, D. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - 2014 update of the drug resistance mutations in HIV-1 JO - Top Antivir Med VL - 22 ID - Wensing2014 ER -