TY - JOUR AU - Brun-Vezinet, F. AU - Costagliola, D. AU - Khaled, M. A. AU - Calvez, V. AU - Clavel, F. AU - Clotet, B. AU - Haubrich, R. AU - Kempf, D. AU - King, M. AU - Kuritzkes, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Clinically validated genotype analysis: guiding principles and statistical concerns JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Brun-Vezinet2004 ER - TY - JOUR AU - Kempf, D. J. AU - Isaacson, J. D. AU - King, M. S. AU - Brun, S. C. AU - Sylte, J. AU - Richards, B. AU - Bernstein, B. AU - Rode, R. AU - Sun, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of the virological response with respect to baseline viral phenotype and genotype in protease inhibitor-experienced HIV-1-infected patients receiving lopinavir/ritonavir therapy JO - Antivir Ther VL - 7 ID - Kempf2002 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. D. AU - Margot, N. AU - Lu, B. AU - Zhong, L. AU - Chen, S. S. AU - Cheng, A. AU - Wulfsohn, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genotypic and phenotypic predictors of the magnitude of response to tenofovir disoproxil fumarate treatment in antiretroviral-experienced patients JO - J Infect Dis VL - 189 UR - https://doi.org/10.1086/381784 DO - 10.1086/381784 ID - Miller2004 ER - TY - JOUR AU - Lanier, E. R. AU - Ait-Khaled, M. AU - Scott, J. AU - Stone, C. AU - Melby, T. AU - Sturge, G. AU - St Clair, M. AU - Steel, H. AU - Hetherington, S. AU - Pearce, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Antiviral efficacy of abacavir in antiretroviral therapy-experienced adults harbouring HIV-1 with specific patterns of resistance to nucleoside reverse transcriptase inhibitors JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Lanier2004 ER - TY - JOUR AU - Baxter, J. D. AU - Schapiro, J. M. AU - Boucher, C. A. AU - Kohlbrenner, V. M. AU - Hall, D. B. AU - Scherer, J. R. AU - Mayers, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genotypic changes in human immunodeficiency virus type 1 protease associated with reduced susceptibility and virologic response to the protease inhibitor tipranavir JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00712-06 DO - 10.1128/JVI.00712-06 ID - Baxter2006 ER - TY - JOUR AU - King, M. S. AU - Rode, R. AU - Cohen-Codar, I. AU - Calvez, V. AU - Marcelin, A. G. AU - Hanna, G. J. AU - Kempf, D. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Predictive genotypic algorithm for virologic response to lopinavir-ritonavir in protease inhibitor-experienced patients JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 51 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00388-07 DO - 10.1128/AAC.00388-07 ID - King2007 ER - TY - JOUR AU - De Meyer, S. AU - Dierynck, I. AU - Lathouwers, E. AU - Van Baelen, B. AU - Vangeneugden, T. AU - Spinosa-Guzman, S. AU - Peeters, M. AU - Picchio, G. AU - de Bethune, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phenotypic and genotypic determinants of resistance to darunavir: analysis of data from treatment experienced patients in POWER 1, 2, 3 and DUET-1 and 2 [abstract 33] JO - Antivir Ther VL - 13 ID - De Meyer2008 ER - TY - CHAP AU - Vingerhoets, J. AU - Tambuyzer, L. AU - Azijn, H. AU - Hoogstoel, A. AU - Nijs, S. AU - Peeters, M. AU - de Bethune, M. P. AU - De Smedt, G. AU - Woodfall, B. AU - Picchio, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Resistance profile of etravirine: combined analysis of baseline genotypic and phenotypic data from the randomized, controlled Phase III clinical studies BT - Aids ID - Vingerhoets2010 ER - TY - JOUR AU - Berman, J. J. AU - Bhatia, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Biomedical data integration: using XML to link clinical and research data sets JO - Expert Rev Mol Diagn VL - 5 UR - https://doi.org/10.1586/14737159.5.3.329 DO - 10.1586/14737159.5.3.329 ID - Berman2005 ER - TY - CHAP PY - 2011 DA - 2011// BT - Guidelines for the use of antiretroviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents (The living document, January 2011) ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Brun-Vezinet, F. AU - Descamps, D. AU - Ruffault, A. AU - Masquelier, B. AU - Calvez, V. AU - Peytavin, G. AU - Telles, F. AU - Morand-Joubert, L. AU - Meynard, J. L. AU - Vray, M. AU - Costagliola, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Clinically relevant interpretation of genotype for resistance to abacavir JO - AIDS VL - 17 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200308150-00008 DO - 10.1097/00002030-200308150-00008 ID - Brun-Vezinet2003 ER - TY - JOUR AU - Masquelier, B. AU - Tamalet, C. AU - Montes, B. AU - Descamps, D. AU - Peytavin, G. AU - Bocket, L. AU - Wirden, M. AU - Izopet, J. AU - Schneider, V. AU - Ferre, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genotypic determinants of the virological response to tenofovir disoproxil fumarate in nucleoside reverse transcriptase inhibitor-experienced patients JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Masquelier2004 ER - TY - JOUR AU - Loutfy, M. R. AU - Raboud, J. M. AU - Walmsley, S. L. AU - Saskin, R. AU - Montaner, J. S. AU - Hogg, R. S. AU - Thompson, C. A. AU - Harrigan, P. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Predictive value of HIV-1 protease genotype and virtual phenotype on the virological response to lopinavir/ritonavir-containing salvage regimens JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Loutfy2004 ER - TY - JOUR AU - Molina, J. M. AU - Marcelin, A. G. AU - Pavie, J. AU - Heripret, L. AU - De Boever, C. M. AU - Troccaz, M. AU - Leleu, G. AU - Calvez, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Didanosine in HIV-1-infected patients experiencing failure of antiretroviral therapy: a randomized placebo-controlled trial JO - J Infect Dis VL - 191 UR - https://doi.org/10.1086/428094 DO - 10.1086/428094 ID - Molina2005 ER - TY - JOUR AU - De Luca, A. AU - Giambenedetto, S. D. AU - Trotta, M. P. AU - Colafigli, M. AU - Prosperi, M. AU - Ruiz, L. AU - Baxter, J. AU - Clevenbergh, P. AU - Cauda, R. AU - Perno, C. F. AU - Antinori, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved interpretation of genotypic changes in the HIV-1 reverse transcriptase coding region that determine the virological response to didanosine JO - J Infect Dis VL - 196 UR - https://doi.org/10.1086/522231 DO - 10.1086/522231 ID - De Luca2007 ER - TY - JOUR AU - Grant, P. AU - Wong, E. C. AU - Rode, R. AU - Shafer, R. AU - De Luca, A. AU - Nadler, J. AU - Hawkins, T. AU - Cohen, C. AU - Harrington, R. AU - Kempf, D. AU - Zolopa, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Virologic response to lopinavir-ritonavir-based antiretroviral regimens in a multicenter international clinical cohort: comparison of genotypic interpretation scores JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 52 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00605-08 DO - 10.1128/AAC.00605-08 ID - Grant2008 ER - TY - JOUR AU - Masquelier, B. AU - Assoumou, K. L. AU - Descamps, D. AU - Bocket, L. AU - Cottalorda, J. AU - Ruffault, A. AU - Marcelin, A. G. AU - Morand-Joubert, L. AU - Tamalet, C. AU - Charpentier, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Clinically validated mutation scores for HIV-1 resistance to fosamprenavir/ritonavir JO - J Antimicrob Chemother VL - 61 UR - https://doi.org/10.1093/jac/dkn127 DO - 10.1093/jac/dkn127 ID - Masquelier2008 ER - TY - JOUR AU - De Luca, A. AU - Di Giambenedetto, S. AU - Maserati, R. AU - Gianotti, N. AU - Narciso, P. AU - Antinori, A. AU - Di Perri, G. AU - Prosperi, M. C. AU - Baldanti, F. AU - Micheli, V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Interpretation of genotypic HIV-1 resistance to darunavir and virological response: validation of available systems and of a new score JO - Antivir Ther VL - 16 UR - https://doi.org/10.3851/IMP1799 DO - 10.3851/IMP1799 ID - De Luca2011 ER - TY - JOUR AU - De Luca, A. AU - Cingolani, A. AU - Di Giambenedetto, S. AU - Trotta, M. P. AU - Baldini, F. AU - Rizzo, M. G. AU - Bertoli, A. AU - Liuzzi, G. AU - Narciso, P. AU - Murri, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Variable prediction of antiretroviral treatment outcome by different systems for interpreting genotypic human immunodeficiency virus type 1 drug resistance JO - J Infect Dis VL - 187 UR - https://doi.org/10.1086/375355 DO - 10.1086/375355 ID - De Luca2003 ER - TY - JOUR AU - Fox, Z. V. AU - Geretti, A. M. AU - Kjaer, J. AU - Dragsted, U. B. AU - Phillips, A. N. AU - Gerstoft, J. AU - Staszewski, S. AU - Clotet, B. AU - von Wyl, V. AU - Lundgren, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The ability of four genotypic interpretation systems to predict virological response to ritonavir-boosted protease inhibitors JO - AIDS VL - 21 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32825a69e4 DO - 10.1097/QAD.0b013e32825a69e4 ID - Fox2007 ER - TY - JOUR AU - Prosperi, M. C. AU - Di Giambenedetto, S. AU - Fanti, I. AU - Meini, G. AU - Bruzzone, B. AU - Callegaro, A. AU - Penco, G. AU - Bagnarelli, P. AU - Micheli, V. AU - Paolini, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - A prognostic model for estimating the time to virologic failure in HIV-1 infected patients undergoing a new combination antiretroviral therapy regimen JO - BMC Med Inform Decis Mak VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6947-11-40 DO - 10.1186/1472-6947-11-40 ID - Prosperi2011 ER - TY - JOUR AU - Larder, B. AU - Wang, D. AU - Revell, A. AU - Montaner, J. AU - Harrigan, R. AU - De Wolf, F. AU - Lange, J. AU - Wegner, S. AU - Ruiz, L. AU - Perez-Elias, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The development of artificial neural networks to predict virological response to combination HIV therapy JO - Antivir Ther VL - 12 ID - Larder2007 ER - TY - JOUR AU - Kjaer, J. AU - Ledergerber, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - HIV cohort collaborations: proposal for harmonization of data exchange JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Kjaer2004 ER - TY - JOUR AU - Howe, H. L. AU - Lake, A. J. AU - Shen, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Method to assess identifiability in electronic data files JO - Am J Epidemiol VL - 165 UR - https://doi.org/10.1093/aje/kwk049 DO - 10.1093/aje/kwk049 ID - Howe2007 ER - TY - JOUR AU - Altmann, A. AU - Daumer, M. AU - Beerenwinkel, N. AU - Peres, Y. AU - Schulter, E. AU - Buch, J. AU - Rhee, S. Y. AU - Sonnerborg, A. AU - Fessel, W. J. AU - Shafer, R. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Predicting the response to combination antiretroviral therapy: retrospective validation of geno2pheno-THEO on a large clinical database JO - J Infect Dis VL - 199 UR - https://doi.org/10.1086/597305 DO - 10.1086/597305 ID - Altmann2009 ER - TY - JOUR AU - Rhee, S. Y. AU - Fessel, W. J. AU - Liu, T. F. AU - Marlowe, N. M. AU - Rowland, C. M. AU - Rode, R. A. AU - Vandamme, A. M. AU - Van Laethem, K. AU - Brun-Vezinet, F. AU - Calvez, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Predictive value of HIV-1 genotypic resistance test interpretation algorithms JO - J Infect Dis VL - 200 UR - https://doi.org/10.1086/600073 DO - 10.1086/600073 ID - Rhee2009 ER - TY - JOUR AU - Hosseinipour, M. C. AU - Kumwenda, J. J. AU - Weigel, R. AU - Brown, L. B. AU - Mzinganjira, D. AU - Mhango, B. AU - Eron, J. J. AU - Phiri, S. AU - van Oosterhout, J. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Second-line treatment in the Malawi antiretroviral programme: high early mortality, but good outcomes in survivors, despite extensive drug resistance at baseline JO - HIV Med VL - 11 ID - Hosseinipour2010 ER -