TY - JOUR AU - Altmann, A. AU - Beerenwinkel, N. AU - Sing, T. AU - Savenkov, I. AU - Däumer, M. AU - Kaiser, R. AU - Rhee, S. Y. AU - Fessel, W. J. AU - Shafer, R. W. AU - Lengauer, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved prediction of response to antiretroviral combination therapy using the genetic barrier to drug resistance JO - Antivir Ther VL - 12 ID - Altmann2007 ER - TY - JOUR AU - Vandamme, A. M. AU - Sönnerborg, A. AU - Ait-Khaled, M. AU - Albert, J. AU - Asjo, B. AU - Bacheler, L. AU - Banhegyi, D. AU - Boucher, C. AU - Brun-Vézinet, F. AU - Camacho, R. AU - Clevenbergh, P. AU - Clumeck, N. AU - Dedes, N. AU - Luca, A. D. AU - Doerr, H. W. AU - Faudon, J. L. AU - Gatti, G. AU - Gerstoft, J. AU - Hall, W. W. AU - Hatzakis, A. AU - Hellmann, N. AU - Horban, A. AU - Lundgren, J. D. AU - Kempf, D. AU - Miller, M. AU - Miller, V. AU - Myers, T. W. AU - Nielsen, C. AU - Opravil, M. AU - Palmisano, L. AU - Perno, C. F. AU - Phillips, A. AU - Pillay, D. AU - Pumarola, T. AU - Ruiz, L. AU - Salminen, M. AU - Schapiro, J. AU - Schmidt, B. AU - Schmit, J. C. AU - Schuurman, R. AU - Shulse, E. AU - Soriano, V. AU - Staszewski, S. AU - Vella, S. AU - Youle, M. AU - Ziermann, R. AU - Perrin, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Updated European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing JO - Antivir Ther VL - 9 ID - Vandamme2004 ER - TY - JOUR AU - Laethem, K. V. AU - Vandamme, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Interpreting resistance data for HIV-1 therapy management-know the limitations JO - AIDS Rev VL - 8 ID - Laethem2006 ER - TY - JOUR AU - Ceccherini-Silberstein, F. AU - Svicher, V. AU - Sing, T. AU - Artese, A. AU - Santoro, M. M. AU - Forbici, F. AU - Bertoli, A. AU - Alcaro, S. AU - Palamara, G. AU - d'Arminio Monforte, A. AU - Balzarini, J. AU - Antinori, A. AU - Lengauer, T. AU - Perno, C. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterization and structural analysis of novel mutations in Human Immunodeficiency Virus type 1 reverse transcriptase involved in the regulation of resistance to nonnucleoside inhibitors JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00303-07 DO - 10.1128/JVI.00303-07 ID - Ceccherini-Silberstein2007 ER - TY - JOUR AU - Rhee, S. Y. AU - Liu, T. AU - Ravela, J. AU - Gonzales, M. J. AU - Shafer, R. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Distribution of Human Immunodeficiency Virus type 1 protease and reverse transcriptase mutation patterns in 4,183 persons undergoing genotypic resistance testing JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 48 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.48.8.3122-3126.2004 DO - 10.1128/AAC.48.8.3122-3126.2004 ID - Rhee2004 ER - TY - JOUR AU - Cozzi-Lepri, A. AU - Ruiz, L. AU - Loveday, C. AU - Phillips, A. N. AU - Clotet, B. AU - Reiss, P. AU - Ledergerber, B. AU - Holkmann, C. AU - Staszewski, S. AU - Lundgren, J. D. AU - Group, E. I. D. A. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Thymidine analogue mutation profiles: factors associated with acquiring specific profiles and their impact on the virological response to therapy JO - Antivir Ther VL - 10 ID - Cozzi-Lepri2005 ER - TY - JOUR AU - Beerenwinkel, N. AU - Rahnenführer, J. AU - Däumer, M. AU - Hoffmann, D. AU - Kaiser, R. AU - Selbig, J. AU - Lengauer, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Learning multiple evolutionary pathways from cross-sectional data JO - J Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2005.12.584 DO - 10.1089/cmb.2005.12.584 ID - Beerenwinkel2005 ER - TY - JOUR AU - Bacheler, L. T. AU - Anton, E. D. AU - Kudish, P. AU - Baker, D. AU - Bunville, J. AU - Krakowski, K. AU - Bolling, L. AU - Aujay, M. AU - Wang, X. V. AU - Ellis, D. AU - Becker, M. F. AU - Lasut, A. L. AU - George, H. J. AU - Spalding, D. R. AU - Hollis, G. AU - Abremski, K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Human Immunodeficiency Virus type 1 mutations selected in patients failing efavirenz combination therapy JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.44.9.2475-2484.2000 DO - 10.1128/AAC.44.9.2475-2484.2000 ID - Bacheler2000 ER - TY - JOUR AU - Joly, V. AU - Descamps, D. AU - Peytavin, G. AU - Touati, F. AU - Mentre, F. AU - Duval, X. AU - Delarue, S. AU - Yeni, P. AU - Brun-Vezinet, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evolution of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) resistance mutations in nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) in HIV-1-infected patients switched to antiretroviral therapy without NNRTIs JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 48 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.48.1.172-175.2004 DO - 10.1128/AAC.48.1.172-175.2004 ID - Joly2004 ER - TY - JOUR AU - Martinez-Picado, J. AU - Martínez, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - HIV-1 reverse transcriptase inhibitor resistance mutations and fitness: a view from the clinic and ex vivo JO - Virus Res VL - 134 UR - https://doi.org/10.1016/j.virusres.2007.12.021 DO - 10.1016/j.virusres.2007.12.021 ID - Martinez-Picado2008 ER - TY - JOUR AU - Trignetti, M. AU - Sing, T. AU - Svicher, V. AU - Santoro, M. M. AU - Forbici, F. AU - D'arrigo, R. AU - Bellocchi, M. C. AU - Santoro, M. AU - Marconi, P. AU - Zaccarelli, M. AU - Trotta, M. P. AU - Bellagamba, R. AU - Narciso, P. AU - Antinori, A. AU - Lengauer, T. AU - Perno, C. F. AU - Ceccherini-Silberstein, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Dynamics of NRTI resistance mutations during therapy interruption JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 2 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2008.0159 DO - 10.1089/aid.2008.0159 ID - Trignetti2009 ER - TY - JOUR AU - Beerenwinkel, N. AU - Drton, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A mutagenetic tree hidden Markov model for longitudinal clonal HIV sequence data JO - Biostatistics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxj033 DO - 10.1093/biostatistics/kxj033 ID - Beerenwinkel2007 ER - TY - JOUR AU - Buendia, P. AU - Cadwallader, B. AU - Degruttola, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - A phylogenetic and Markov model approach for the reconstruction of mutational pathways of drug resistance JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp466 DO - 10.1093/bioinformatics/btp466 ID - Buendia2009 ER - TY - JOUR AU - Svicher, V. AU - Sing, T. AU - Santoro, M. M. AU - Forbici, F. AU - Rodrìguez-Barrios, F. AU - Bertoli, A. AU - Beerenwinkel, N. AU - Bellocchi, M. C. AU - Gago, F. AU - d'Arminio Monforte, A. AU - Antinori, A. AU - Lengauer, T. AU - Ceccherini-Silberstein, F. AU - Perno, C. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Involvement of novel Human Immunodeficiency Virus type 1 reverse transcriptase mutations in the regulation of resistance to nucleoside inhibitors JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02084-05 DO - 10.1128/JVI.02084-05 ID - Svicher2006 ER - TY - JOUR AU - Arora, P. AU - Dixit, N. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Timing the emergence of resistance to anti-HIV drugs with large genetic barriers JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000305 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000305 ID - Arora2009 ER - TY - JOUR AU - Healy, B. AU - Degruttola, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hidden Markov models for settings with interval-censored transition times and uncertain time origin: application to HIV genetic analyses JO - Biostatistics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxl021 DO - 10.1093/biostatistics/kxl021 ID - Healy2007 ER - TY - JOUR AU - Deforche, K. AU - Camacho, R. J. AU - Grossman, Z. AU - Soares, M. A. AU - Laethem, K. V. AU - Katzenstein, D. A. AU - Harrigan, P. R. AU - Kan-tor, R. AU - Shafer, R. AU - Vandamme, A. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bayesian network analyses of resistance pathways against efavirenz and nevirapine JO - AIDS VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32830fe940 DO - 10.1097/QAD.0b013e32830fe940 ID - Deforche2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, V. A. AU - Brun-Vezinet, F. AU - Clotet, B. AU - Gunthard, H. F. AU - Kuritzkes, D. R. AU - Pillay, D. AU - Schapiro, J. M. AU - Richman, D. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Update of the Drug Resistance Mutations in HIV-1 JO - Top HIV Med VL - 16 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Foulkes, A. S. AU - DeGruttola, V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Characterizing the Progression of Viral Mutations Over Time JO - Journal of the American Statistical Association VL - 98 UR - https://doi.org/10.1198/016214503000000792 DO - 10.1198/016214503000000792 ID - Foulkes2003 ER - TY - JOUR AU - JQ, J. F. AU - Li, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Variable selection via nonconcave penalized likelihood and its oracle properties JO - JOURNAL OF THE AMERICAN STATISTICAL ASSOCIATION VL - 96 UR - https://doi.org/10.1198/016214501753382273 DO - 10.1198/016214501753382273 ID - JQ2001 ER - TY - JOUR AU - Rosen-Zvi, M. AU - Altmann, A. AU - Prosperi, M. AU - Aharoni Neuvirth, H. AU - Sönnerborg, A. AU - Schülter, E. AU - Struck, D. AU - Peres, Y. AU - Incardona, F. AU - Kaiser, R. AU - Zazzi, M. AU - Lengauer, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Selecting anti-HIV therapies based on a variety of genomic and clinical factors JO - Bioinfor-matics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn141 DO - 10.1093/bioinformatics/btn141 ID - Rosen-Zvi2008 ER - TY - BOOK PY - 2004 DA - 2004// TI - R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria ID - ref22 ER - TY - BOOK AU - Fan, J. AU - Feng, Y. AU - Samworth, R. AU - Wu, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - SIS: Sure Independence Screening ID - Fan2010 ER - TY - BOOK AU - Therneau, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - survival: Survival analysis, including penalised likelihood ID - Therneau2009 ER - TY - BOOK AU - Wickham, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer New York UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-98141-3 DO - 10.1007/978-0-387-98141-3 ID - Wickham2009 ER - TY - JOUR AU - Csardi, G. AU - Nepusz, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - The igraph software package for complex network research JO - InterJournal VL - Complex Systems ID - Csardi2006 ER - TY - JOUR AU - Brehm, J. H. AU - Koontz, D. AU - Meteer, J. D. AU - Pathak, V. AU - Sluis Cremer, N. AU - Mellors, J. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Selection of mutations in the connection and RNase H domains of Human Immunodeficiency Virus type 1 reverse transcriptase that increase resistance to 3'-azido-3'-dideoxythymidine JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02203-06 DO - 10.1128/JVI.02203-06 ID - Brehm2007 ER - TY - CHAP AU - Sing, T. AU - Svicher, V. AU - Beerenwinkel, N. AU - Ceccherini-Silberstein, F. AU - Däumer, M. AU - Kaiser, R. AU - Walter, H. AU - Korn, K. AU - Hoffmann, D. AU - Oette, M. AU - Rockstroh, J. K. AU - Fätkenheuer, G. AU - Perno, C. F. AU - Lengauer, T. ED - Jorge, A. ED - Torgo, L. ED - Brazdil, P. ED - Camacho, R. ED - Gama, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Characterization of Novel HIV Drug Resistance Mutations Using Clustering, Multidimensional Scaling and SVM-Based Feature Ranking BT - Knowledge Discovery in Databases: PKDD 2005, Volume 3721 of Lecture Notes in Computer Science PB - Springer CY - Heidelberg ID - Sing2005 ER - TY - JOUR AU - Däumer, M. AU - Awerkiew, S. AU - Aragón, S. S. AU - Kartashev Poplavskaja, T. AU - Klein, R. AU - Sichtig, N. AU - Thiele, B. AU - Lengauer, T. AU - Roomp, K. AU - Pfister, H. AU - Kaiser, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Short communication: selection of thymidine analogue resistance mutational patterns in children infected from a common HIV type 1 subtype G source JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2009.0233 DO - 10.1089/aid.2009.0233 ID - Däumer2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Hou, T. AU - Wang, W. AU - Liu, J. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detecting and understanding combinatorial mutation patterns responsible for HIV drug resistance JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0907304107 DO - 10.1073/pnas.0907304107 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Koval, C. E. AU - Dykes, C. AU - Wang, J. AU - Demeter, L. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Relative replication fitness of efavirenz-resistant mutants of HIV-1: correlation with frequency during clinical therapy and evidence of compensation for the reduced fitness of K103N + L100I by the nucleoside resistance mutation L74V JO - Virology VL - 353 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.05.021 DO - 10.1016/j.virol.2006.05.021 ID - Koval2006 ER - TY - JOUR AU - Weisser, H. AU - Altmann, A. AU - Sierra, S. AU - Incardona, F. AU - Struck, D. AU - Sönnerborg, A. AU - Kaiser, R. AU - Zazzi, M. AU - Tschochner, M. AU - Walter, H. AU - Lengauer, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Only slight impact of predicted replicative capacity for therapy response prediction JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009044 DO - 10.1371/journal.pone.0009044 ID - Weisser2010 ER - TY - JOUR AU - Geretti, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - HIV-1 subtypes: epidemiology and significance for HIV management JO - Curr Opin Infect Dis VL - 19 UR - https://doi.org/10.1097/01.qco.0000200293.45532.68 DO - 10.1097/01.qco.0000200293.45532.68 ID - Geretti2006 ER - TY - JOUR AU - Martínez-Cajas, J. L. AU - Pant-Pai, N. AU - Klein, M. B. AU - Wainberg, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Role of genetic diversity amongst HIV-1 non-B subtypes in drug resistance: a systematic review of virologic and biochemical evidence JO - AIDS Rev VL - 10 ID - Martínez-Cajas2008 ER - TY - CHAP PY - 2007 DA - 2007// TI - HIV and AIDS in the United Kingdom update: data to the end of March 2007 BT - PDF ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Coutsinos, D. AU - Invernizzi, C. F. AU - Xu, H. AU - Moisi, D. AU - Oliveira, M. AU - Brenner, B. G. AU - Wainberg, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Template usage is responsible for the preferential acquisition of the K65R reverse transcriptase mutation in subtype C variants of human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01349-08 DO - 10.1128/JVI.01349-08 ID - Coutsinos2009 ER - TY - JOUR AU - Marconi, V. C. AU - Sunpath, H. AU - Lu, Z. AU - Gordon, M. AU - Koranteng-Apeagyei, K. AU - Hampton, J. AU - Carpenter, S. AU - Giddy, J. AU - Ross, D. AU - Holst, H. AU - Losina, E. AU - Walker, B. D. AU - Kuritzkes, D. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Prevalence of HIV-1 drug resistance after failure of a first highly active antiretroviral therapy regimen in KwaZulu Natal, South Africa JO - Clin Infect Dis VL - 46 UR - https://doi.org/10.1086/587109 DO - 10.1086/587109 ID - Marconi2008 ER - TY - JOUR AU - Stürmer, M. AU - Dauer, B. AU - Moesch, M. AU - Haberl, A. AU - Mueller, A. AU - Locher, L. AU - Knecht, G. AU - Hanke, N. AU - Doerr, H. W. AU - Staszewski, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolution of resistance mutations during lowlevel viral replication in HIV-1-infected patients treated with zidovudine/lamivudine/abacavir as a first-line regimen JO - Antivir Ther VL - 12 ID - Stürmer2007 ER - TY - JOUR AU - Zhao, J. X. AU - Foulkes, A. S. AU - George, E. I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Exploratory Bayesian model selection for serial genetics data JO - Biometrics VL - 61 UR - https://doi.org/10.1111/j.1541-0420.2005.040417.x DO - 10.1111/j.1541-0420.2005.040417.x ID - Zhao2005 ER - TY - JOUR AU - Deforche, K. AU - Silander, T. AU - Camacho, R. AU - Grossman, Z. AU - Soares, M. A. AU - Laethem, K. V. AU - Kantor, R. AU - Moreau, Y. AU - Vandamme, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of HIV-1 pol sequences using Bayesian Networks: implications for drug resistance JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl508 DO - 10.1093/bioinformatics/btl508 ID - Deforche2006 ER - TY - JOUR AU - Adamson, C. S. AU - Waki, K. AU - Ablan, S. D. AU - Salzwedel, K. AU - Freed, E. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Impact of Human Immunodeficiency Virus type 1 resistance to protease inhibitors on evolution of resistance to the maturation inhibitor bevirimat (PA-457) JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02659-08 DO - 10.1128/JVI.02659-08 ID - Adamson2009 ER -